O manejo da criança com desnutrição grave é divido em 3 fases. Estas são:

Tratamento inicial: problemas com risco de vida são identificados e tratados em hospital ou em instalações para tratamento em internação, deficiências específicas são corrigidas, as anormalidades metabólicas são revertidas e a alimentação é iniciada.

Reabilitação: alimentação intensiva é dada para recuperar a maior parte do peso perdido, a estimulação emocional e física são aumentadas, a mãe ou pessoa que cuida da criança é treinada para continuar os cuidados em casa, e é feita a preparação para a alta da criança.

Acompanhamento: após a alta, a criança e a família da criança são acompanhadas para prevenir a recaída e assegurar a continuidade do desenvolvimento emocional, físico e mental da criança.